История Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря тесно связана с памятью его основателя Святейшего Патриарха Никона. Обитель эта была любимейшей из трех основанных Святейшим Патриархом монастырей: Иверского, Крестного и Воскресенского. Здесь он прожил более восьми лет после своего удаления из Москвы и все свои силы употребил на воплощение своего замысла – создать в Подмосковье точное подобие знаменитого Иерусалимского храма Воскресения Господня, чтобы дать возможность русскому народу созерцать места спасительных страстей и Воскресения Христова не подвергаясь дорогостоящему и небезопасному путешествию на Ближний Восток.

Великое дело начатое Патриархом в 1656 году, еще во время его дружбы с Царем Алексеем Михайловичем, и продолжавшееся при его пособии даже в период охлаждения этой дружбы с 1658 по 1666 гг., почти на 14 лет приостановилось со ссылкой Патриарха в конце 1666 года, но возобновилось усердием Царя Федора Алексеевича и благодаря старанию его тетки Царевны Татьяны Михайловны в 1679 году. В его же царствование исполнилось и желание Патриарха вернуться в свою любимую обитель, но он скончался на пути из ссылки и был погребен в приделе Усекновения Иоанна Предтечи Воскресенского собора 26 августа 1681 года (ст. ст.). После смерти Царя Федора Алексеевича, при котором все здание воскресенского собора было доведено до сводов, строительство продолжалось при Царях Иоанне и Петре Алексеевичах и 18 января 1685 года (ст. ст.) собор был освящен Патриархом Иоакимом. В 1686 году державные ктиторы Воскресенского собора даровали Воскресенской обители жалованную, так называемую «вечно утвержденную грамоту» на все ее тогдашние вотчины и угодья.

Наследники царей, строивших собор Воскресения Христова, продолжали особенно милостиво относиться к Ново-Иерусалимской обители. В царствование Императрицы Елизаветы Петровны, после падения в 1723 году шатрового завершения ротонды, под которым находилась часовня Гроба Господня, и пожара 1726 года, клонившийся к окончательному разрушению собор в 1749-1759 годах был возобновлен по ее воле и отделан внутри лепниной по проекту и рисункам зодчего графа Растрелли, под непосредственным наблюдением настоятеля обители архимандрита Амвросия (Зертис-Каменского), скончавшегося в 1771 году в сане архиепископа. Императрица Екатерина II продолжала благоустройство Воскресенского монастыря и также пожертвовала средства для возобновления монастырских зданий после пожаров 1762 и 1792 годов.

Последующие Государи устраивали в Воскресенском соборе престолы в память рождения Наследника, Императорами Павлом и Николаем устроены два придела во имя Святого Благоверного Александра Невского (память празднуется дважды в году) и придел во имя Рождества Пресвятой Богородицы в память рождения в этот день Цесаревича Николая Александровича.

В XIX и в начале ХХ века монастырь был одним из самых популярных центров паломничества, число его посетителей особенно возросло после проведения поблизости от него Николаевской, а затем Рижской железных дорог. В 1913 году монастырь посетило около 35 000 человек, на средства монастыря были построены странноприимный дом для бедных паломников и гостиницы. О постоянном внимании Императорской семьи к монастырю и в это время свидетельствуют богатые вклады в ризницу.

В декабре 1941 года Новый Иерусалим оказался в зоне ожесточенных боев за Москву, здания монастыря сильно пострадали, некоторые были полностью разрушены, сведения о разрушениях в Новом Иерусалиме фигурировали в Нюренбергском процессе. Начиная с 50-х годов в Монастыре велись активные реставрационные работы, в результате которых архитектурный комплекс монастыря был поднят из руин, начаты работы по реставрации внутренней отделки Воскресенского собора.